Для дальнейшей обработки жидкость проходит через фильтрующие слои, выполненные из песка, щебня или специальных фильтровальных материалов, удаляя мелкодисперсные частицы и растворимые примеси.
Обычно в анаэробных септиках на момент продажи, да и во время эксплуатации, отсутствует фильтрующий элемент ради удешевления и упрощения обслуживания.